分子雜交基因探針根據(jù)標(biāo)記方法不同可粗分為放射性探針和非放射性探針兩大類,根據(jù)探針的核酸性質(zhì)不同又可分為DNA探針,RNA探針,cDNA探針,cRNA探針及寡核苷酸探針等幾類,DNA探針還有單鏈和雙鏈之分。下面分別介紹這幾種探針。
(一)DNA探針
是zui常用的核酸探針,指長(zhǎng)度在幾百堿基對(duì)以上的雙鏈DNA或單鏈DNA探針?,F(xiàn)已獲得DNA探針數(shù)量很多,有細(xì)菌、病毒、原蟲、真菌、動(dòng)物和人類細(xì)胞DNA探針。
(二)cDNA探針
cDNA(complementaryDNA)是指互補(bǔ)于mRNA的DNA分子。cDNA是由RNA經(jīng)一種稱為逆轉(zhuǎn)錄酶(reversetranscriptase)的DNA聚合酶催化產(chǎn)生的,這種逆錄酶是Temin等在70年代初研究致癌RNA病毒時(shí)發(fā)現(xiàn)的。該酶以RNA為模板,根據(jù)堿基配對(duì)原則,按照RNA的核苷酸順序合成DNA(其中U與A配對(duì))。
(三)RNA探針
RNA探針是一類很有前途的核酸探針,由于RNA是單鏈分子,所以它與靶序列的雜交反應(yīng)效率*。早期采用的RNA探針是細(xì)胞mRNA探針和病毒RNA探針,這些RNA是在細(xì)胞基因轉(zhuǎn)錄或病毒復(fù)制過程中得到標(biāo)記的,標(biāo)記效率往往不高,且受到多種因素的制約。
(四)寡核酸探針
前述三種探針均是可克隆的,一般情況下,只要有克隆的探針,就不用寡核苷酸探針。在DNA序列未知而必須首先進(jìn)行克隆以便繪制酶譜和測(cè)序時(shí),也常應(yīng)用克隆。克隆探針一般較寡核苷酸探針特異性強(qiáng),復(fù)雜度也高,從統(tǒng)計(jì)學(xué)角度而言,較長(zhǎng)的序列隨機(jī)碰撞互補(bǔ)序列的機(jī)會(huì)較短序列少,克隆探針的另一優(yōu)點(diǎn)是,可獲得較強(qiáng)的雜交信號(hào),因?yàn)榭寺√结樰^寡核苷酸探針摻入的可檢測(cè)標(biāo)記基因更多。但是,較長(zhǎng)的探針對(duì)于靶序列變異的識(shí)別能力又有所降低。對(duì)于僅是單個(gè)堿基或少數(shù)堿基不同的兩序列,克隆探針不能區(qū)分,往往雜交信號(hào)相當(dāng)。這既是其優(yōu)點(diǎn),又是其缺點(diǎn)。優(yōu)點(diǎn)是當(dāng)用于檢測(cè)病原微生物時(shí),不會(huì)因或細(xì)菌DNA的少許變異而漏診,缺點(diǎn)則是不能用于點(diǎn)突變的檢測(cè)。這種情況下,通常要采用化學(xué)合成的寡核苷酸探針。
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